Schon im frühen Neolithikum (Lerna I = ca. 6500 – 5800 v. Chr.) lebten in dieser Region an der Westküste des argolischen Golfes Menschen, die von Ackerbau, Viehzucht und Fischfang lebten. Aus dem mittleren Neolithikum (Lerna II = ca. 5800 – 5300 v. Chr.) sind sogar Überreste eines rechteckigen Steinhauses mit kleinen Räumen erhalten geblieben. Die Fundamente eines solchen steinzeitlichen Hauses (I) befinden sich in der Nähe des Eingangs. In der Bronzezeit, die auf dem griechischen Festland auch als helladische Periode bezeichnet wird, blühte die Siedlung dann auf. Zwar dürfte die Stätte in der frühhelladischen Periode I (3100 – 2750 v. Chr.) noch nicht dauerhaft besiedelt gewesen sein. In der frühhelladischen Periode II (Lerna III: 2750 - 2200 v. Chr.) verfügte die kleine Siedlung dann aber schon über eine Befestigungsmauer (2 – 13). Nördlich davon befanden sich rechteckige Gebäude (14, 15) und das große längliche Gebäude, das als „House of the Tiles“ bezeichnet wird. Dieses, dem architektonischen Typus des „Korridorhauses“ folgende, zweistöckige Haus war das wirtschaftliche und administrative Zentrum der gesamten Region. Nach seiner Zerstörung durch einen Brand wurde über seine Ruinen ein kreisförmiger Grabhügel (16) mit einem Durchmesser von 19 m errichtet. In der frühhelladischen Periode III (Lerna IV: Ende des 3. Jahrtausends v. Chr.) sind sowohl in der Architektur – Apsidenhäuser (18, 19) und rechteckiges Haus (17) – als auch in der Töpferei mit der Verwendung einer frühen Form der Töpferscheibe große Veränderungen zu konstatieren. In der mittelhelladischen Periode (Lerna V: 2050 – 1700 v. Chr.) verstärkten sich die Handelsbeziehungen mit den ägaischen Inseln und Kreta und es entstanden neue Vasentypen mit lokalen Merkmalen. Aus dieser Zeit stammen die Fundamente apsidialer und rechteckiger Wohnhäuser (20 – 23) mit Lagerräumen (21). Die Toten wurden innerhalb der Siedlung in einem Friedhof beigesetzt, der vor allem aus Steinkistengräbern bestand (24). In der späten Bronzezeit (Lerna VI: 1700 – 1600 v. Chr.) wurden die Toten in monumentalen Schachtgräbern (25, 26), vergleichbar mit denen aus dem nicht weit entfernten Mykene bestattet. Die Gruben für diese Gräber griffen sowohl in den Bereich des Tumulus (16) als auch in das „House of the Tiles“ ein. Reste von rechteckigen Häusern beiderseits der Straße nordöstlich der Ausgrabungsstätte zeugen von einer Siedlung im 14. und 13. Jh. v. Chr. (Lerna VII), die wahrscheinlich in politischer Abhängigkeit vom mächtigen Nachbarn Argos stand. Das Ende der Bronzezeit bedeutete dann aber im Wesentlichen auch das Ende der Besiedlung von Lerna.